২০১৮ সালের জাতীয় সংসদ নির্বাচনে এক ভিডিও বার্তায় বিএনপি মহাসচিব মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর বলেছিলেন, তিনি পাঞ্জাবিদের পৈশাচিকতার বিরুদ্ধে লড়াই করেছেন। এরপর বিভিন্ন সময় গণমাধ্যমে আওয়ামী লীগের একাধিক নেতা প্রশ্ন তুলেন তার মুক্তিযুদ্ধের ভূমিকা নিয়ে। সম্প্রতি বিএনপি চেয়ারপারসন বেগম খালেদা জিয়াকে নারী মুক্তিযোদ্ধা হিসেবে দাবি করলে বিষয়টি আবারো সামনে আসে। এ বিষয়ে জানতে চাইলে মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর বলেন, এ সমস্ত কথা আমাকে জিজ্ঞাসা করবেন না। আমি কি ছিলাম না ছিলাম এর ডকুমেন্টস আছে, বইপত্রে আছে। তিনি বলেন, আমি একটা কথা বলি কিছু মনে করবেন না। একজন মহাসচিবকে কি প্রশ্ন জিজ্ঞাসা করা উচিত, কি করা উচিত নয় সেটা আপনাদের জানা উচিত। মির্জা ফখরুল বলেন, আমি নিজে মুক্তিযুদ্ধের তালিকাভুক্তির জন্য কোনো আবেদন করি নাই। যখন সরকারি চাকরিতে যাই তখন দুই বছরের সিনিয়রিটি দেবে বলেছিলো। আমি তখন সেটা রিফিউজ করেছিলাম। আমরা হচ্ছি ওই ধরনের মানুষ। বিএনপি মহাসচিব বলেন, আমি কী ছিলাম, কী ছিলাম না সেটা আপনাদের তথাকথিত মুক্তিযুদ্ধের তালিকাভুক্ত হওয়ার জন্য কখনো করি নাই। আমি যা করেছি আমি দেশের জন্য করেছি। এ জন্য আমার কারো কাছে জবাবদিহি করতে হয় না। তিনি বলেন, মুক্তিযুদ্ধের আরো ১৫-২০ বছর আগে থেকে দেশের জন্য লড়াই করেছি। বাংলাদেশের স্বাধীনতার জন্য সংগ্রাম করেছি। এখনো আমরা গণতন্ত্রের জন্য সংগ্রাম করেছি। বাংলাদেশ মুক্তিযোদ্ধা সংসদ কেন্দ্রীয় কমান্ড কাউন্সিল কর্তৃক প্রকাশিত মুক্তিবার্তা (লাল) তালিকায় ঠাকুরগাঁওয়ের ৪৩৯ জন মুক্তিযোদ্ধার নাম থাকলেও সেখানে নেই মির্জা ফখরুল ইসলামের নাম। পরবর্তীতে ২০০৫ সালের এক তালিকায় ক্রমিক নং ১৫১৮ এ মির্জা ফখরুল ইসলামের নাম দেখা যায়। বিএনপি মহাসচিব মুক্তিযুদ্ধে অংশ গ্রহণ করেছিলেন কিনা জানতে চাইলে ঠাকুরগাঁও মুক্তিযোদ্ধা জেলা কমান্ডার বদ্দিউজ্জান বলেন, আমি একাত্তর টিভিকে যা বলেছিলাম তাই। এক কথা বারবার বলতে পারবো না। এর আগে একাত্তর টিভিকে দেওয়া এক সাক্ষাতকারে তিনি বলেন, মির্জা ফখরুল মাঝে মধ্যে ক্যাম্পে আসতেন এবং খোঁজ খবর নিতেন। মুক্তিযুদ্ধের সময় ক্যাম্পের খুব কাছে বাসা ভাড়া নিয়েছিলেন তার পরিবার। বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ শুরু হলে লন্ডন থেকে ভারতে এসে মুক্তিযুদ্ধে অংশগ্রহণ ও আগরতলার মেলাঘরে প্রশিক্ষণ কেন্দ্র থেকে গেরিলা প্রশিক্ষণ নেন গণস্বাস্থ্য কেন্দ্রের প্রতিষ্ঠাতা জাফরুল্লাহ চৌধুরী। এরপরে ডা. এম এ মবিনের সঙ্গে মিলে সেখানেই ৪৮০ শয্যাবিশিষ্ট “বাংলাদেশ ফিল্ড হাসপাতাল” প্রতিষ্ঠা ও পরিচালনা করেন। মির্জা ফখরুল সর্ম্পকে তার কাছে জানতে চাইলে তিনি বলেন, একাত্তর টিভি অভ্যাস আছে এসব নিয়ে অকারণে খোঁচাখুঁচি করা। এ বিষয়ে আমার কোনো বক্তব্য নেই। তখন কে কোথায় ছিলো, আমি জানি না। তবে সে মুক্তিযোদ্ধা সেটা আমি জানি। এর আগে আওয়ামী লীগের যুগ্ম সাধারণ সম্পাদক মাহবুব উল আলম হানিফ অভিযোগ করেছেন, বিএনপির মহাসচিব মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর একজন ‘ভুয়া’ মুক্তিযোদ্ধা। তার বাবা মুক্তিযুদ্ধের চেতনা বিরোধী ছিলেন। এমন বক্তব্যের প্রতিক্রিয়ায় ২০১৯ সালের ২০ ডিসেম্বর বিএনপির সিনিয়র যুগ্ম মহাসচিব রহিুল কবির রিজভী সংবাদ সম্মেলন করে বলেন, একাত্তর সালে মুক্তিযুদ্ধ শুরু হলে এপ্রিল মাসে মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীরের বাবা মির্জা রুহুল আমিন ঠাকুরগাঁওয়ের হরিপুর সীমান্ত দিয়ে ভারতের পশ্চিম দিনাজপুরের ইসলামপুরে প্রবেশ করে এবং সেখানে অবস্থান করেন। তিনি বলেন, তার চাচা অবসরপ্রাপ্ত উইং কমান্ডার এস আর মির্জা প্রবাসী সরকারের মুক্তিযোদ্ধা রিক্রুটমেন্ট বিভাগের পরিচালক ছিলেন। আরেক চাচা বাবলু মির্জা এবং তার ভগ্নিপতি ড. আবুল কালাম মুক্তিযোদ্ধা ছিলেন। আর মির্জা ফখরুল ইসলামের বড় মামা আবু জাহেদ ইবনে ইউসুফ দিনাজপুর জেলা স্বাধীন বাংলা সংগ্রাম পরিষদের শীর্ষস্থানীয় নেতা ছিলেন।